Năm 1905, nhà giáo dục và học giả nổi tiếng Mã Tương Bá (馬相伯) vận động thành lập một cơ sở giáo dục bậc đại học ở Thượng Hải lấy tên Trường công học Phục Đán (復旦公學) trong đó hai chữ Phục Đán (復旦) được lấy từ điển tích Nho giáo với nghĩa là ánh sáng buổi sớm quay trở lại. Câu khẩu hiệu của trường: Bác học nhi đốc chí, thiết vấn nhi cận tư (博学而笃志，切问而近思) được lấy từ Luận ngữ (phần Tử trương) với nghĩa Sự học phải dùng hết ý chí, việc suy nghĩ hỏi han phải đi đến cùng.[1]

Năm 1911 trong thời gian Cách mạng Tân Hợi trường phải đóng cửa một thời gian để làm trụ sở cho quân đội. Năm 1917 Phục Đán trở thành đại học tư với cái tên mới Đại học dân lập Phục Đán (私立復旦大學). Sau khi Chiến tranh Trung-Nhật nổ ra năm 1937, đại học Phục Đán sơ tán vào nội địa và lập cơ sở tạm thời tại Bắc Bội, Trùng Khánh. Ngày 25 tháng 12 năm 1941, chính phủ Trung Hoa Dân Quốc quyết định chuyển Phục Đán trở lại thành đại học công lập với tên Đại học quốc lập Phục Đán (國立復旦大學). Năm 1946 sau khi Chiến tranh thế giới thứ hai kết thúc, đại học quay trở lại cơ sở gốc ở Thượng Hải. Sau khi Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa thành lập năm 1949, tên trường được rút ngắn thành Đại học Phục Đán. Ngày 27 tháng 4 năm 2000, Đại học Y Thượng Hải được sáp nhập vào Đại học Phục Đán.